公司治理及內部控制有所改善，規范度不斷提升。掛牌公司在掛牌前往往具有股權集中度高、內部控制強、經營管理相對不透明的特點，但進入新三板后，對其規范要求和引導作用明顯加強。制度建設方面，有7424家公司在2016年度建立新的公司治理制度，占比70.64%，同比提升9.22個百分點；有5776家公司建立年度報告重大差錯責任追究制度，占比54.96%，同比提升26.23個百分點。外部制衡方面，有725家公司開始設獨立董事，665家公司管理層引入了職業經理人。資金管理方面，存在資金占用現象的公司占比較上年大幅下降23.57個百分點，目前約為18.23%。
企業獲得的支持力度加強，經營環境改善。規范性的提高，一定程度上消除了政府和市場支持中小微企業的顧慮。年報顯示，依托新三板，2016年共有5771家公司通過專項金融產品等方式獲得銀行貸款4871.27億元，9459家公司獲得政府補貼206.86億元。統計發現，獲得支持較大的企業往往也能實現較好的發展，如掛牌以來獲得過大額融資的492家公司(剔除金融業和神州優車)，2016年實現營業收入2987.06億元，凈利潤215.80億元，分別同比增長31.34%和22.55%。
掛牌公司在獲得社會支持取得發展的同時，積極承擔社會責任，成熟型企業回報股東力度較強。8084家掛牌公司披露了扶貧與社會責任事項，其中2151家掛牌公司響應扶貧號召，積極投入扶貧工作。擴大就業方面，掛牌公司員工人數達276.19萬人，同比增長14.99%，較全國城鎮就業人員增長率高11.74個百分點。權益分配方面，共2350家掛牌公司公布預案，占已披露年報掛牌公司家數的22.27%。其中1734家實施現金分紅，擬發放現金股利合計239.82億元，占其2016年度凈利潤的47.40%。